Glossário
As palavras da bancada.
Os termos que aparecem no SeedCounter, na Teoria e no blog, em uma ou duas frases. Cada um leva para a página onde a ideia é explicada com animação, conta ou exemplo.
- Área
Quanto do plano a semente cobre, em mm² quando a imagem está calibrada. Sai do contorno: conta-se os pixels de dentro, ou integra-se o polígono da borda, e multiplica-se pelo quadrado da escala.
- Binomial
A distribuição de uma contagem feita semente por semente, quando cada uma tem a mesma chance de cair na classe e uma não interfere na outra. É ela que diz quanto uma porcentagem de germinação ou de viabilidade varia só por acaso.
- Bland-Altman
Gráfico para comparar dois métodos de contagem ou de medida na mesma amostra: a diferença entre as duas leituras contra a média delas. Mostra o viés, a média das diferenças, e os limites dentro dos quais ficam 95% das diferenças.
- Calibração
Medir a escala da imagem dentro dela mesma, marcando na régua uma distância conhecida. Repetida em regiões diferentes da imagem, dá também o CV da escala, que entra no CSV junto com as medidas.
- Carta de controle
Uma placa de referência, com proporção conhecida, contada no começo de cada sessão. Enquanto o valor medido fica dentro de três desvios da binomial, a variação é acaso; um ponto fora pede revisão antes do laudo do dia.
- CIELAB (L*, a*, b*)
Um jeito de descrever a cor que separa claridade (L*) de cor (a*, do verde ao vermelho, e b*, do azul ao amarelo). Na mesma semente, a sombra muda muito o RGB e pouco o a* e o b*, por isso a cor de classe é lida aqui.
- Circularidade
4πA/P², com A a área e P o perímetro. Vale 1 no círculo e cai à medida que a forma se alonga ou a borda fica recortada. Depende muito de como o perímetro é medido na grade de pixels.
- Coeficiente de variação (CV)
O desvio padrão dividido pela média, em porcentagem. Diz se repetições da mesma medida concordam entre si: na calibração pela régua, um CV abaixo de 1% indica leituras consistentes.
- Contorno
A borda de cada semente na imagem, de onde saem área, comprimento, largura e forma. No SeedCounter, o contorno proposto pela máquina aparece tracejado e só vira dado quando a pessoa aceita.
- Dormência
Estado da semente que está viva mas não germina, mesmo em condição favorável. Comum em forrageira recém-colhida; cai durante o armazenamento. O tetrazólio enxerga a semente dormente como viva.
- DPI
Pontos por polegada, a resolução que o arquivo de imagem declara. Uma polegada tem 25,4 mm, então a escala em µm/px é 25.400 dividido pelo DPI. O valor declarado é o que o programa escreveu no arquivo e pode não ser o real.
- Escala (µm/px)
O comprimento no objeto que corresponde a um pixel. Não está escrita nos pixels: precisa ser medida, e todo número em milímetro herda o erro dela.
- Feret, diâmetro de
A abertura de um paquímetro encostado na semente, numa dada direção. O maior valor entre todas as direções é o comprimento de Feret; o menor, a largura de Feret.
- Fourier elíptico
Descrição de um contorno fechado como soma de elipses girando em velocidades diferentes. Poucos termos já dão a forma geral; os seguintes acrescentam os detalhes da borda.
- Germinação
No laboratório, a porcentagem de sementes que formam plântulas normais nas condições e no prazo fixados para a espécie pelas Regras para Análise de Sementes. Contada em dias seguidos, vira uma curva.
- Hilo
A cicatriz que fica na semente onde ela se ligava à planta-mãe. É o "olho" da semente e o nome da marca.
- Histograma
Quantas vezes cada valor aparece: dos pixels de uma imagem, para escolher o limiar, ou das sementes de um lote, para ver a distribuição de tamanho.
- Kappa (κ)
Concordância entre duas leituras de classe, semente por semente, descontada a parte que viria do acaso. Vale 1 na concordância perfeita e 0 quando as leituras não concordam mais do que dois chutes na mesma proporção.
- Limiar
O valor de corte que separa semente de fundo num eixo de cor ou de claridade. Pixel de um lado é semente, do outro é fundo.
- Matiz
O ângulo da cor no plano a*, b*: perto de 0° é vermelho, 90° amarelo, 180° verde, 270° azul. O vermelho do tetrazólio fica perto de 0°, e um corte na matiz separa vermelho de pálido.
- Onda (segmentação por clique)
Uma frente que sai do ponto clicado e corre rápido onde a cor se parece com a do clique e quase para onde a cor muda. Onde ela para é a borda da semente. É a ferramenta S do SeedCounter.
- Otsu, método de
Escolhe o limiar sem parâmetro nenhum: entre todos os cortes possíveis do histograma, fica com o que deixa as duas classes de pixel mais separadas. Proposto por Nobuyuki Otsu em 1979.
- PCA e SVD
Com os contornos alinhados e empilhados numa matriz, a decomposição em valores singulares acha as direções em que as formas mais variam. Cada semente vira a semente média mais uma combinação de poucos modos.
- Procrustes
Alinhar duas formas antes de compará-las, tirando posição, tamanho e rotação. Depois disso, o que sobra de diferença é só forma.
- RAS
As Regras para Análise de Sementes, do Ministério da Agricultura. Definem métodos, número de repetições, tamanho de amostra e tolerâncias de cada teste por espécie. É o que vale num laudo oficial.
- Razão de aspecto
Comprimento sobre largura. Há duas convenções em uso: a do paquímetro, pelos diâmetros de Feret, e a da elipse de inércia, pelos momentos da região. Para a mesma semente elas dão números diferentes.
- Solidez
A área da semente dividida pela área do fecho convexo, o elástico esticado em volta dela. Vale 1 na forma convexa e cai com reentrância, quebra ou duas sementes encostadas, por isso serve para desconfiar de um contorno.
- Superdispersão
Quando as repetições de um teste variam mais do que a binomial prevê, em geral porque o lote não é uniforme. O modelo beta-binomial descreve essa variação extra.
- t50
O tempo até a amostra chegar à metade da sua germinação final, tirado da curva ajustada às contagens diárias. Fala de velocidade; a germinação final fala de quantas germinaram.
- Tetrazólio
Teste de viabilidade em que a semente hidratada recebe um sal incolor. Nas células que respiram, enzimas o reduzem a formazana, vermelha; tecido morto fica pálido. Responde em horas se a semente está viva, inclusive a dormente.
- Viável e inviável
As duas classes básicas de uma leitura de viabilidade: semente viva e semente morta. No SeedCounter, cada uma tem marca de forma diferente na imagem, para a figura continuar legível em preto e branco.
- Wilson, intervalo de
Intervalo de confiança para uma proporção que se comporta bem mesmo com poucas sementes ou porcentagens perto de 0% e 100%, onde a fórmula mais simples, a de Wald, falha.