hilum

Manual

Do arquivo ao CSV, sem um PDF do lado.

O que a Ajuda do SeedCounter diz, organizado por tarefa. Cada uma traz os passos, onde clicar, por que aquilo importa e o que olhar para saber que deu certo.

Abrir o SeedCounter Atalhos e gestos

O caminho de uma amostra

Sete passos, nesta ordem

Do arquivo aberto ao laudo exportado. As tarefas abaixo detalham cada parte.

  1. Abrir

    Digitalização (PNG, JPG ou TIFF), câmera, um exemplo real, ou uma pasta de datasets. No modo Multibancada, até quatro cenas ao mesmo tempo.

    Lateral esquerda › Abrir imagem / Exemplos; aba Datasets à direita; Multibancada no cabeçalho.

  2. Calibrar

    Diga a escala: DPI do scanner, régua na imagem ou micrômetro. O DPI do driver é declaração: a régua é a conferência.

    Etapa 1. A escala gráfica no canto da imagem mostra o resultado (mm e px).

  3. Encontrar

    Marque (V/I), segmente por clique (S), ou deixe o ensaio propor três receitas ao carregar e escolha uma, ou nenhuma.

    Etapa 2 e a aba Inspetor à direita (cartões do ensaio).

  4. Curar

    Confira na galeria, ajuste contornos (C), separe encostadas pela proposta de corte, aplique regras em lote: o fantasma tracejado mostra antes.

    Abas Galeria e Inspetor; Regras semi-automáticas em Resultados.

  5. Medir

    Área, comprimento × largura, Feret, solidez por objeto; o botão de eixos mostra de onde cada medida sai e o "≠" avisa quando a forma não é elíptica.

    Inspetor (uma semente) e Resultados (a população); controles de zoom → eixos.

  6. Identificar

    Espécie, lote, protocolo: é o que dá contexto a todo número e habilita referências e tolerâncias.

    Etapa 4 na lateral esquerda.

  7. Exportar

    CSV com um objeto por linha (origem marcada: manual, ia, modelo, referência), laudo PDF, sessão JSON para continuar depois.

    Cabeçalho › Exportar; Resultados › Exportar laudo.

Tarefas

A pergunta que se faz na bancada

O DPI do scanner não basta?

Calibrar de um jeito que sirva para publicar #

O DPI que o arquivo declara é o que o programa de digitalização acha que fez. Já medimos 32 % de diferença entre o declarado e a régua na própria imagem, e esse erro entra igual em todas as amostras, sem aparecer na repetição.

  1. Digitalize com uma régua junto da amostra, encostada no vidro.
  2. Abra Calibração e escolha o método Referência.Lateral esquerda, etapa 1.
  3. Clique em "Medir na imagem" e marque os dois extremos de uma distância conhecida da régua.
  4. Digite o comprimento real e clique em "+ Guardar esta leitura".
  5. Repita em pelo menos três regiões diferentes da imagem, longe uma da outra.
  6. Leia o CV e o "vs. DPI informado"; clique em Aplicar.

Para conferir

CV abaixo de 1 %, nenhum alerta amarelo, e as colunas dpi_medido, calibracao_n e calibracao_cv_pct preenchidas no CSV.

Gravação realversão 4.0: o arraste de 0 a 1 cm mede 374,3 px e a escala vira 26,716 µm/px (cena simulada de soja com régua)

Por onde começo?

Contar viáveis e inviáveis #

A máquina propõe e a pessoa confere: nada entra na contagem sem alguém aceitar. Por isso a proposta aparece tracejada, e o clique é seu.

  1. Declare o modo no rodapé: manual, assistida ou automática.Rodapé, ao lado do relógio.
  2. Escolha a ferramenta Viável ou Inviável e clique sobre cada semente.Barra de ferramentas, ou teclas V e I.
  3. Errou a classe? X inverte. Errou o lugar? Alt segura a borracha. Ctrl+Z desfaz o gesto.
  4. Para deixar o programa propor, use "Encontrar" ou o ensaio ao carregar; aceite só o que conferir.

Para conferir

O contador do rodapé bate com o que você vê; o inspetor (aba Resultados) mostra a origem de cada objeto.

Gravação realversão 4.0: a máquina propõe 9 contornos tracejados, a pessoa usa a proposta e contorna as 3 sementes que ficaram de fora

A marca está tapando a semente. E agora?

Ver a semente por baixo da marca #

Numa amostra densa, o disco cheio cobre justamente o que você precisa conferir: a cor do tetrazólio. A marca é anotação, não objeto da cena.

  1. Com a ferramenta de marcar ativa, clique no botão com o nome do estilo (Disco, Anel, Ponto, Cruz) para alternar.Barra de ferramentas.
  2. Baixe a opacidade e, se precisar, o tamanho.
  3. Para amostra amontoada: Anel ou Cruz, opacidade em torno de 60 %.

Para conferir

Em qualquer estilo, viável e inviável têm formas diferentes, não só cores. Isso é de propósito, para a figura sobreviver em preto e branco.

Gravação realversão 4.0: no tetrazólio, viável sai como disco ciano e inviável como anel magenta, formas diferentes e não só cores

Onde estão as medidas?

Medir, e calcular volumes #

Comprimento, largura, área, Feret e solidez saem do contorno de cada objeto. Volumes precisam do embrião, que o scanner raramente resolve: por isso ele é digitado, vindo do microscópio, e o programa faz a conta com a equação escrita na tela.

  1. Abra o painel Morfometria.Aba Resultados, à direita.
  2. Confira mediana e faixa de comprimento e largura: em px sempre, em mm quando calibrado.
  3. No bloco Volumes, digite comprimento e largura do embrião em µm.
  4. Escolha a convenção da altura do cone e confira no artigo de referência qual foi usada.

Para conferir

As três equações aparecem escritas ao lado do resultado. Ar negativo mostra um aviso: é sinal de medida trocada, não de semente.

Gravação realversão 4.0: área, solidez, circularidade e comprimento por largura saem do contorno, com os eixos na imagem

Para que serve, e por que ele para sozinho?

O relógio do rodapé #

Ninguém publica quanto tempo leva uma análise por imagem, porque ninguém mede. O relógio conta só tempo de trabalho: para quando a aba some e quando ninguém mexe por um minuto, e zera a cada imagem ou página.

  1. Declare o modo (manual, assistida, automática) antes de começar a marcar.
  2. Para comparar métodos na mesma imagem, faça o braço manual primeiro: depois de ver a proposta do programa, ninguém desmarca o que já viu.

Para conferir

No CSV, tempo_ativo_s e modo_analise preenchidos; segundos por semente é o número que se compara.

O que vai no CSV além das medidas?

Exportar com procedência #

Duas linhas com o mesmo 1,17 mm podem ter vindo de calibrações, páginas, versões e modos diferentes, e nada nelas denunciaria isso. A procedência faz cada linha responder "de onde saiu?" um ano depois.

  1. Exportar → "Por Semente (CSV)", uma linha por objeto.Cabeçalho, botão Exportar (Ctrl+E). "Tabela (CSV)" é o resumo por sessão, sem as colunas de procedência.
  2. Confira as colunas: especie, pagina, modo_analise, tempo_ativo_s, dpi_declarado, dpi_medido, calibracao_n, versao_app, commit.

Para conferir

Campo vazio significa "não foi medido". Nunca é preenchido com o provável.

Gravação realversão 4.0: o laudo em PDF e a planilha com uma linha por semente saem do mesmo menu

Travou. O que eu mando?

Quando algo dá errado #

Um relato sem a sequência do que aconteceu custa meia hora de conversa. O relatório traz versão, navegador e os últimos passos, e não traz imagem, pixel nem nome de arquivo, então pode ser enviado sem medo.

  1. Configurações → Relatar problema.Ou o ícone ao lado do número da versão, no rodapé.
  2. Baixar relatório, ou Copiar resumo para mandar por mensagem.

Para conferir

O trabalho salvo continua no navegador; recarregar a página não o perde.

Meus tratamentos são doses. Tukey serve?

Comparar tratamentos: letras ou curva? #

Cultivar A contra cultivar B é uma pergunta de "quais diferem", e a resposta são letras (Tukey, Scott-Knott). Dose, tempo, potencial e temperatura são níveis de um fator contínuo: a pergunta vira "como a resposta muda com o nível, e onde está o ótimo", e a resposta é uma curva ajustada. Separar doses por letras responde a pergunta errada.

  1. Preencha o campo Tratamento de cada sessão com o nível dentro do rótulo: T0, T8, T16; −0,3 MPa; 12 meses.Metadados da amostra, antes de salvar.
  2. Abra Estatísticas → Comparação de Tratamentos.Aba no cabeçalho.
  3. Leia a ANOVA e as letras: elas continuam valendo como comparação de médias.
  4. Logo abaixo, o cartão "Fator quantitativo" aparece sozinho quando três ou mais tratamentos têm número no rótulo. Confira a linha "T8 → 8": é o número que o app leu.
  5. Leia o grau recomendado, a equação e o ótimo. Ótimo fora da faixa testada vem em aviso: é extrapolação, não resultado.

Para conferir

Rótulo com dois números ("T8 rep2") não vira nível, de propósito; ponha a repetição no campo próprio. Se o cartão não aparece, é porque menos de três tratamentos têm número.

Tenho as contagens por dia. Como tiro t50 e uniformidade?

A curva de germinação, sem a planilha #

Contar germinadas em dias seguidos dá uma curva; germinação final é só o último ponto dela. t50, uniformidade e área sob a curva descrevem a velocidade e a sincronia, e dependem de um ajuste que a planilha fazia com o Solver, que às vezes para cedo. Aqui o ajuste converge, e o app diz onde diferiu.

  1. Abra Germinação.Aba no cabeçalho; se não aparecer, o modo de visualização a esconde: troque em Exibir.
  2. Cole a aba INPUT da planilha (código, sementes, contagens por hora) ou importe do experimento longitudinal.
  3. Leia a tabela de parâmetros; cada coluna tem uma frase de ajuda ao passar o mouse.
  4. Compare tratamentos: ANOVA e Tukey com letras, embaixo das curvas.
  5. Exporte no formato da planilha (TSV output) para quem ainda usa o Excel.

Para conferir

R² abaixo do limite aparece em amarelo na tabela: é ajuste que não descreve a curva, e o t50 dele não vale. Onde o Solver do Excel parou cedo, o t50 daqui é diferente, de propósito: o ajuste converge até o fim.

O que eu preciso relatar para alguém reproduzir?

O que vai no artigo #

Um número de viabilidade sem o método é um número solto. Quem lê precisa saber como a escala foi medida, se a contagem foi manual ou proposta pela máquina, e qual versão do programa fez a conta, e tudo isso já está no CSV, em colunas, esperando ser copiado para a seção de métodos.

  1. Método de calibração: régua na imagem, número de leituras e CV (colunas dpi_medido, calibracao_n, calibracao_cv_pct). Se só houver dpi_declarado, diga que a escala é a declarada pelo driver.
  2. Modo de análise (coluna modo_analise): manual, assistida ou automática, e, se automática, que cada proposta foi conferida por uma pessoa.
  3. Versão e commit do programa (colunas versao_app e commit), para a análise ser repetível no mesmo código.
  4. Cite o programa como: AMBROSIO, E. S.; MACHADO NETO, N. B.; CUSTÓDIO, C. C.; FIGUEIREDO, M. O. V. SeedCounter: ferramenta client-side para contagem, classificação e morfometria de sementes. GPEOrq / GPSEM, 2026. Disponível em: https://seedcounter.hilum.science. Acrescente a versão, que está no rodapé.Rodapé, ao lado de Relatar problema.
  5. Para germinação e regressão, relate o modelo ajustado (Hill de quatro parâmetros; polinômio de grau n) e o critério de escolha do grau (F sequencial, p < 0,05).

Para conferir

Alguém com o CSV e o texto dos métodos consegue refazer a tabela sem perguntar nada a você. Se uma coluna está vazia, o método diz "não medido", não inventa.

Texto copiado da Ajuda do SeedCounter em 08/10/2026 (app no commit c741308). A Ajuda dentro do app é a fonte; quando ela muda, este manual muda junto.