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Teoria · Imagem e medida

Como uma foto vira milímetro.

Uma imagem de sementes é uma grade de pixels coloridos. Para sair dela um comprimento em milímetro, quatro coisas acontecem em ordem: a régua dá o tamanho do pixel, um limiar separa a semente do fundo, o contorno fecha cada semente e a medida sai do contorno.

Entender · visual

Sementes de orquídea alongadas, amareladas e com o embrião avermelhado, sobre papel azul. Cada semente rotulada tem o contorno desenhado: linha ciano contínua nas viáveis e magenta tracejada nas inviáveis.
Dados reaisFigura 1. Sementes de orquídea depois do tetrazólio, sobre papel azul. Os contornos são os rótulos do conjunto: ciano contínuo para viável, magenta tracejado para inviável. O recorte não tem régua, então aqui tudo está em pixel.

1 · Escala

O pixel só ganha tamanho quando a régua diz

Um pixel é uma posição na grade. Quantos micrômetros ele cobre depende da distância da câmera, da lente e de qualquer recorte feito depois. A régua fotografada no mesmo plano das sementes responde a pergunta com uma divisão: se 10 mm da régua ocupam 400 pixels, cada pixel vale 10 mm ÷ 400 = 25 µm, ou seja, 40 px por milímetro.

Esse número, a escala \(s\), multiplica todo comprimento medido em pixel. A área multiplica por \(s^2\). Por isso um erro de 1% na escala vira 1% no comprimento e 2% na área, em todas as sementes da imagem ao mesmo tempo.

O DPI gravado no arquivo é uma declaração, não uma medida. Num scanner de mesa, o valor informado era de 3.600 dpi, e a régua digitalizada na própria imagem mediu perto de 4.750: as medidas feitas com o valor declarado sairiam 32% maiores. A conta da régua, com a incerteza de cada clique, está em Do pixel ao milímetro.

Janela de uma placa com sementes de orquídea amareladas sobre papel azul; um quadrado marca uma das sementes.

1 · janela de 360 × 360 px

A semente marcada, ampliada: os pixels já aparecem como quadradinhos nas bordas.

2 · a semente, 114 × 114 px

A ponta da semente com 24 por 24 pixels: cada pixel é um quadrado de cor uniforme; os pixels da borda estão contornados em laranja e uma linha azul passa entre eles.

3 · a ponta, 24 × 24 px

Dados reaisFigura 2. A mesma semente em três aumentos. Ela cobre 2.427 pixels, e 213 deles (8,8%) são de borda, com pelo menos um vizinho de fundo, marcados em laranja no quadro 3. A linha azul é onde o limiar corta a cor, com precisão de fração de pixel: a borda verdadeira passa por dentro dos pixels, não entre eles.

Instrumento · quanto pesa um pixel

…tamanho do pixel
…pixels de comprimento × largura
…pixels na semente
…deles na borda
…±1 px no comprimento
…±1 px na área

pixel da sementepixel de bordacontorno verdadeiro

…

A semente é uma elipse com o comprimento e a razão escolhidos, e um pixel conta como semente quando o centro dele cai dentro. Um pixel a mais ou a menos na borda muda o comprimento em \(1/L\) e a área em cerca de \(1/L + 1/W\), com \(L\) e \(W\) em pixels: a dedução está em Do pixel ao milímetro.

2 · Semente e fundo

Um limiar decide o que é semente

Cada pixel guarda uma cor. Para separar a semente do fundo, a conta escolhe um eixo de cor em que os dois se afastam e um limiar nesse eixo. Aqui o papel é azul e as sementes são amareladas ou vermelhas, então o eixo azul-amarelo da cor, o b* do espaço CIELAB, separa bem. O método de Otsu escolhe o limiar que deixa as duas populações de pixels mais separadas entre si [1]. Tudo o que fica acima dele vira semente.

Janela de 360 por 360 pixels com quatro sementes nítidas e várias desfocadas sobre papel azul.

1 · a imagem

A mesma janela depois do limiar: os pixels acima do limiar em laranja sobre fundo escuro, incluindo manchas das sementes desfocadas.

2 · acima do limiar

A janela escurecida com o contorno de cada mancha: as quatro sementes rotuladas numeradas de 1 a 4 com o maior diâmetro em laranja, e as manchas desfocadas com contorno tracejado.

3 · contorno e comprimento

Dados reaisFigura 3. Do pixel à medida numa janela de outra placa. O limiar de Otsu no eixo azul-amarelo marcou 8% da janela como semente. Ele pegou as quatro sementes rotuladas e também cinco manchas de sementes desfocadas, fora do plano de foco, que no quadro 3 aparecem com contorno tracejado. A máquina propõe, a pessoa confere.
1 100 10 mil 1 milhão −60 −40 −20 0 limiar de Otsu, b* = −37,9 papel azul sementes eixo azul-amarelo da cor (b*), do azul à esquerda ao amarelo à direita
Dados reaisFigura 4. Histograma do eixo azul-amarelo no recorte inteiro dessa placa, 946 × 946 px, em escala logarítmica. O papel faz o pico alto; as sementes fazem uma cauda longa, e não um segundo pico, porque as bordas desfocadas enchem o meio. O limiar de Otsu cai em b* = −37,9 e põe 5,2% dos pixels do recorte do lado das sementes.

O meio do histograma é feito de pixels de borda, meio semente e meio papel. Mover o limiar para um lado ou para o outro move a borda inteira de cada semente, e é esse deslocamento que pesa no instrumento da seção anterior. Como o limiar é escolhido e quando o histograma não tem vale está em O limiar.

No SeedCounter, um dos caminhos é a onda do clique. Você clica numa semente, e uma frente cresce a partir do clique pelos pixels de cor parecida até encontrar a mudança de cor da borda. O limiar deixa de ser um número para a imagem toda e passa a ser decidido semente por semente, a partir do ponto que a pessoa escolheu. A conta da frente está em A onda.

Antes de qualquer limiar, a luz já decidiu parte do contorno. Uma sombra escura colada na semente pode passar do limiar e virar semente, e um reflexo branco pode abrir um buraco nela. A conta da sombra está no post A luz decide o contorno.

3 · Contorno

O contorno é uma escada de pixels

A máscara do limiar é um conjunto de pixels. O contorno é a fronteira desse conjunto: uma sequência de pixels de borda, cada um vizinho do seguinte, que dá a volta na semente. No quadro 3 da Figura 2, os pixels laranja são essa sequência, e a linha azul é a borda que ela tenta representar.

Medir o comprimento da escada tem um viés que dá para calcular. Contando cada passo reto como 1 pixel e cada passo diagonal como √2, a soma passa do perímetro verdadeiro em 5,5% na média de todas as direções: o fator é \(8(\sqrt{2}-1)/\pi = 1{,}0548\) [2]. Em 1.904 grãos de arroz de um conjunto publicado, a razão medida foi 1,054052, a 0,07% da conta. A dedução está em O perímetro digital.

O contorno que o SeedCounter propõe vira um polígono que a pessoa confere e pode corrigir ponto a ponto. Simplificar tem custo: o contorno de 48 lados superestima a circularidade em sementes pouco sólidas, 9,9% na mediana. Está medido, e a correção é o próximo passo. As medidas de forma que saem do contorno estão na trilha Forma.

reta: √80 = 8,94 px cadeia: 4 + 4√2 = 9,66 px razão 1,080
CálculoFigura 5. Uma reta de inclinação 1/2 acende nove pixels. A cadeia que os liga tem quatro passos retos e quatro diagonais, 9,66 px contra 8,94 px da reta: 8% a mais. Em outras direções o excesso vai de 0 a 8,2%, e a média é 5,5%.

4 · Medida

Do contorno saem os números

A área é a contagem dos pixels dentro do contorno, vezes a área de um pixel. O comprimento e a largura são diâmetros de Feret: o maior é a maior distância entre dois pontos da semente, e o menor é a menor abertura de um paquímetro que gira em volta dela. A razão entre os dois, a circularidade e a solidez são combinações dessas medidas.

A tabela traz as quatro sementes rotuladas da Figura 3. Sem régua no recorte, ela para no pixel, e é por isso que a régua vem primeiro. Com a escala \(s\) em milímetros por pixel, comprimento e largura multiplicam por \(s\) e a área por \(s^2\).

Scanner ou câmera muda a resolução e o caminho até a escala. Um scanner a 1.200 dpi dá 47 px/mm, e régua e sementes encostam no mesmo vidro. Uma câmera a 44 cm da placa dá 40 px/mm na placa inteira, e a régua precisa ficar na altura das sementes. A comparação está na animação Scanner ou câmera.

SementeÁrea
(px)
Comprimento,
Feret máx. (px)
Largura,
Feret mín. (px)
C/L
11.80586,331,52,74
22.427104,533,03,17
31.53375,834,82,18
42.222105,929,73,56
Dados reaisTabela 1. Medidas em pixel das quatro sementes rotuladas da Figura 3, a partir da máscara do limiar. As quatro estão rotuladas como inviáveis no conjunto.

Para ler mais

Cinco leituras

  1. Otsu N. (1979). A threshold selection method from gray-level histograms. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics 9(1), 62–66. doi:10.1109/TSMC.1979.4310076
  2. Kulpa Z. (1977). Area and perimeter measurement of blobs in discrete binary pictures. Computer Graphics and Image Processing 6(5), 434–451. doi:10.1016/S0146-664X(77)80021-X
  3. Joint Committee for Guides in Metrology (2008). JCGM 100:2008. Evaluation of measurement data: guide to the expression of uncertainty in measurement (GUM). doi:10.59161/JCGM100-2008E
  4. Tanabata T., Shibaya T., Hori K., Ebana K., Yano M. (2012). SmartGrain: high-throughput phenotyping software for measuring seed shape through image analysis. Plant Physiology 160(4), 1871–1880. doi:10.1104/pp.112.205120
  5. Whan A. P., Smith A. B., Cavanagh C. R., Ral J.-P. F., Shaw L. M., Howitt C. A., Bischof L. (2014). GrainScan: a low cost, fast method for grain size and colour measurements. Plant Methods 10, 23. doi:10.1186/1746-4811-10-23

Dados

Figuras 1 a 4 e Tabela 1: conjunto "Sementes de Orquídeas" v8, Roboflow Universe (universe.roboflow.com/sementes-de-orqudea/sementes-de-orquideas), licença CC BY 4.0. Contornos da Figura 1 desenhados a partir dos rótulos do conjunto; limiar, máscara, contornos e medidas das Figuras 2 a 4 calculados para esta página. Sem escala em milímetro.

Ponha uma régua na sua imagem.

No SeedCounter, você marca a régua, clica nas sementes e confere cada contorno. As medidas saem em milímetro.

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