Teoria · Imagem e medida
Como uma foto vira milímetro.
Uma imagem de sementes é uma grade de pixels coloridos. Para sair dela um comprimento em milímetro, quatro coisas acontecem em ordem: a régua dá o tamanho do pixel, um limiar separa a semente do fundo, o contorno fecha cada semente e a medida sai do contorno.
Entender · visual

1 · Escala
O pixel só ganha tamanho quando a régua diz
Um pixel é uma posição na grade. Quantos micrômetros ele cobre depende da distância da câmera, da lente e de qualquer recorte feito depois. A régua fotografada no mesmo plano das sementes responde a pergunta com uma divisão: se 10 mm da régua ocupam 400 pixels, cada pixel vale 10 mm ÷ 400 = 25 µm, ou seja, 40 px por milímetro.
Esse número, a escala \(s\), multiplica todo comprimento medido em pixel. A área multiplica por \(s^2\). Por isso um erro de 1% na escala vira 1% no comprimento e 2% na área, em todas as sementes da imagem ao mesmo tempo.
O DPI gravado no arquivo é uma declaração, não uma medida. Num scanner de mesa, o valor informado era de 3.600 dpi, e a régua digitalizada na própria imagem mediu perto de 4.750: as medidas feitas com o valor declarado sairiam 32% maiores. A conta da régua, com a incerteza de cada clique, está em Do pixel ao milímetro.

1 · janela de 360 × 360 px

2 · a semente, 114 × 114 px

3 · a ponta, 24 × 24 px
Instrumento · quanto pesa um pixel
pixel da sementepixel de bordacontorno verdadeiro
…
A semente é uma elipse com o comprimento e a razão escolhidos, e um pixel conta como semente quando o centro dele cai dentro. Um pixel a mais ou a menos na borda muda o comprimento em \(1/L\) e a área em cerca de \(1/L + 1/W\), com \(L\) e \(W\) em pixels: a dedução está em Do pixel ao milímetro.
2 · Semente e fundo
Um limiar decide o que é semente
Cada pixel guarda uma cor. Para separar a semente do fundo, a conta escolhe um eixo de cor em que os dois se afastam e um limiar nesse eixo. Aqui o papel é azul e as sementes são amareladas ou vermelhas, então o eixo azul-amarelo da cor, o b* do espaço CIELAB, separa bem. O método de Otsu escolhe o limiar que deixa as duas populações de pixels mais separadas entre si [1]. Tudo o que fica acima dele vira semente.

1 · a imagem

2 · acima do limiar

3 · contorno e comprimento
O meio do histograma é feito de pixels de borda, meio semente e meio papel. Mover o limiar para um lado ou para o outro move a borda inteira de cada semente, e é esse deslocamento que pesa no instrumento da seção anterior. Como o limiar é escolhido e quando o histograma não tem vale está em O limiar.
No SeedCounter, um dos caminhos é a onda do clique. Você clica numa semente, e uma frente cresce a partir do clique pelos pixels de cor parecida até encontrar a mudança de cor da borda. O limiar deixa de ser um número para a imagem toda e passa a ser decidido semente por semente, a partir do ponto que a pessoa escolheu. A conta da frente está em A onda.
Antes de qualquer limiar, a luz já decidiu parte do contorno. Uma sombra escura colada na semente pode passar do limiar e virar semente, e um reflexo branco pode abrir um buraco nela. A conta da sombra está no post A luz decide o contorno.
3 · Contorno
O contorno é uma escada de pixels
A máscara do limiar é um conjunto de pixels. O contorno é a fronteira desse conjunto: uma sequência de pixels de borda, cada um vizinho do seguinte, que dá a volta na semente. No quadro 3 da Figura 2, os pixels laranja são essa sequência, e a linha azul é a borda que ela tenta representar.
Medir o comprimento da escada tem um viés que dá para calcular. Contando cada passo reto como 1 pixel e cada passo diagonal como √2, a soma passa do perímetro verdadeiro em 5,5% na média de todas as direções: o fator é \(8(\sqrt{2}-1)/\pi = 1{,}0548\) [2]. Em 1.904 grãos de arroz de um conjunto publicado, a razão medida foi 1,054052, a 0,07% da conta. A dedução está em O perímetro digital.
O contorno que o SeedCounter propõe vira um polígono que a pessoa confere e pode corrigir ponto a ponto. Simplificar tem custo: o contorno de 48 lados superestima a circularidade em sementes pouco sólidas, 9,9% na mediana. Está medido, e a correção é o próximo passo. As medidas de forma que saem do contorno estão na trilha Forma.
4 · Medida
Do contorno saem os números
A área é a contagem dos pixels dentro do contorno, vezes a área de um pixel. O comprimento e a largura são diâmetros de Feret: o maior é a maior distância entre dois pontos da semente, e o menor é a menor abertura de um paquímetro que gira em volta dela. A razão entre os dois, a circularidade e a solidez são combinações dessas medidas.
A tabela traz as quatro sementes rotuladas da Figura 3. Sem régua no recorte, ela para no pixel, e é por isso que a régua vem primeiro. Com a escala \(s\) em milímetros por pixel, comprimento e largura multiplicam por \(s\) e a área por \(s^2\).
Scanner ou câmera muda a resolução e o caminho até a escala. Um scanner a 1.200 dpi dá 47 px/mm, e régua e sementes encostam no mesmo vidro. Uma câmera a 44 cm da placa dá 40 px/mm na placa inteira, e a régua precisa ficar na altura das sementes. A comparação está na animação Scanner ou câmera.
| Semente | Área (px) | Comprimento, Feret máx. (px) | Largura, Feret mín. (px) | C/L |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 1.805 | 86,3 | 31,5 | 2,74 |
| 2 | 2.427 | 104,5 | 33,0 | 3,17 |
| 3 | 1.533 | 75,8 | 34,8 | 2,18 |
| 4 | 2.222 | 105,9 | 29,7 | 3,56 |
Aprofundar
A matemática de cada passo
Cada página abaixo pega um passo desta trilha e faz a conta inteira, com fórmulas, dados e referências.
Para ler no blog
Para ler mais
Cinco leituras
- Otsu N. (1979). A threshold selection method from gray-level histograms. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics 9(1), 62–66. doi:10.1109/TSMC.1979.4310076
- Kulpa Z. (1977). Area and perimeter measurement of blobs in discrete binary pictures. Computer Graphics and Image Processing 6(5), 434–451. doi:10.1016/S0146-664X(77)80021-X
- Joint Committee for Guides in Metrology (2008). JCGM 100:2008. Evaluation of measurement data: guide to the expression of uncertainty in measurement (GUM). doi:10.59161/JCGM100-2008E
- Tanabata T., Shibaya T., Hori K., Ebana K., Yano M. (2012). SmartGrain: high-throughput phenotyping software for measuring seed shape through image analysis. Plant Physiology 160(4), 1871–1880. doi:10.1104/pp.112.205120
- Whan A. P., Smith A. B., Cavanagh C. R., Ral J.-P. F., Shaw L. M., Howitt C. A., Bischof L. (2014). GrainScan: a low cost, fast method for grain size and colour measurements. Plant Methods 10, 23. doi:10.1186/1746-4811-10-23
Dados
Figuras 1 a 4 e Tabela 1: conjunto "Sementes de Orquídeas" v8, Roboflow Universe (universe.roboflow.com/sementes-de-orqudea/sementes-de-orquideas), licença CC BY 4.0. Contornos da Figura 1 desenhados a partir dos rótulos do conjunto; limiar, máscara, contornos e medidas das Figuras 2 a 4 calculados para esta página. Sem escala em milímetro.
Ponha uma régua na sua imagem.
No SeedCounter, você marca a régua, clica nas sementes e confere cada contorno. As medidas saem em milímetro.